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%Einstellungen
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%Dokumentenklasse "scrbook" - Erweitert um den Verweis auf die Verzeichnisse und Texteigenschaften
%\documentclass[chapterprefix=false, 12pt, a4paper, oneside, parskip=half, listof=totoc, bibliography=totoc, numbers=noendperiod]{scrbook}

\documentclass[
    %draft=false,
	12pt,
    paper=a4,
    chapterprefix=false,
    %bibtotocnumbered,	    % Literaturverzeichnis ins Inhaltsverzeichnis
    %liststotocnumbered,    % Alle Listen ins Inhaltsverzeichnis	
    bibliography=totoc,
    listof=totoc,
    %DIV=calc,		        % führt die Satzspiegelberechnung neu aus
    oneside,		        % einseitiger Druck
    %tablecaptionabove,	    % Tabellenüberschriften aktivieren
    numbers=noendperiod,
    parskip=half,
    %BCOR=16mm,	            % Bindekorrektur
    %headinclude,
    %footinclude,
]{scrbook}

%\documentclass[%
%	paper=A4,					% paper size --> A4 is default in Germany
%	twoside=true,				% onesite or twoside printing
%	openright,					% doublepage cleaning ends up right side
%	parskip=full,				% spacing value / method for paragraphs
%	chapterprefix=true,			% prefix for chapter marks
%	11pt,						% font size
%	headings=normal,			% size of headings
%	bibliography=totoc,			% include bib in toc
%	listof=totoc,				% include listof entries in toc
%	titlepage=on,				% own page for each title page
%	captions=tableabove,		% display table captions above the float env
%	draft=false,				% value for draft version
%]{scrreprt}%

\usepackage[bottom=20mm,left=25mm,right=25mm]{geometry}

%Tweaks für scrbook
\usepackage{scrhack}

%Blindtext
\usepackage{blindtext}

%Bild- und Tabellen Unter- oder Überschriften
\usepackage{caption}

%Stichwortverzeichnis
\usepackage{imakeidx}

%Kompakte Listen
\usepackage{enumitem}

%Zitate besser formatieren und darstellen
\usepackage{epigraph}

%Glossar, Stichworverzeichnis (Akronyme werden als eigene Liste aufgeführt)
%\usepackage[toc, acronym]{glossaries}
\usepackage[ 
toc,         
acronym,
nopostdot,
sort=standard   
]{glossaries}

\renewcommand{\glossarypreamble}{\glsfindwidesttoplevelname[\acronymtype] \setlength{\parskip}{0pt}} % <--------- THAT IS THE KEY, NOW USING alttree style.

%Stichwortverzeichnis
%\usepackage{acronym}

%Anpassung von Kopf- und Fußzeile
%beinflusst die erste Seite des Kapitels
\usepackage[automark,headsepline]{scrlayer-scrpage}
\input{resources/styles/header_footer}

%Auskommentieren für die Verkleinerung des vertikalen Abstandes eines neuen Kapitels
%\renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{\vspace*{.25\baselineskip}}

%Zeilenabstand 1,5
\usepackage[onehalfspacing]{setspace}

%Verbesserte Darstellung der Buchstaben zueinander
\usepackage[stretch=10]{microtype}

%Deutsche Bezeichnungen für angezeigte Namen (z.B. Inhaltsverzeichnis etc.)
\usepackage[ngerman]{babel}

%Unterstützung von Umlauten und anderen Sonderzeichen (UTF-8)
\usepackage{iftex}
\ifPDFTeX
    \usepackage[utf8]{luainputenc}
    \usepackage[T1]{fontenc}
    \usepackage{lmodern}
    \usepackage{mathptmx} % Times New Roman
\else
    \ifXeTeX
        \usepackage{fontspec}
    \else 
        %\usepackage{luatextra}
        \usepackage{fontspec}
    \fi
    \defaultfontfeatures{Ligatures=TeX}
    % Times New Roman
    \setmainfont[
    BoldFont=tnrb.ttf,
    ItalicFont=tnri.ttf,
    BoldItalicFont=tnrbi.ttf,
    ]{tnr.ttf}
\fi

%Einfachere Zitate
\usepackage{epigraph}

%Unterstützung der H Positionierung (keine automatische Verschiebung eingefügter Elemente)
\usepackage{float} 

%Tabellen
\usepackage{booktabs}

%Erlaubt Umbrüche innerhalb von Tabellen
%\usepackage{tabularx}
%\usepackage{ltxtable}

\usepackage{ltablex}
\renewcommand\tabularxcolumn[1]{m{#1}}% for vertical centering text in X column

%\usepackage{cellspace}
%\setlength\cellspacetoplimit{5pt}
%\setlength\cellspacebottomlimit{5pt}

%Erlaubt Seitenumbrüche innerhalb von Tabellen
%\usepackage{longtable} %alredy loaded with ltablex
%\usepackage{tabu}
%\tabulinesep=2.5mm

%Erlaubt die Darstellung von Sourcecode mit Highlighting
\usepackage{listings}

%Definierung eigener Farben bei Nutzung eines selbst vergebenen Namens
\usepackage[table,xcdraw]{xcolor}

% "Material"-Farben
\usepackage{xcolor-material}
%\usepackage{kvoptions}

%integrate pdf files (before tikz)
%\pagecolor{white}
\usepackage{pdfpages}

%Vektorgrafiken
%\usepackage{tikz}
%\usepackage{pgfplots}

% new
%\usepackage{tikz,tikzscale,pgfplots,pgfplotstable}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=newest}
\usepgfplotslibrary{external}
%\tikzexternalize[prefix=tikz/]
\tikzexternalize[shell escape=-enable-write18,optimize command away=\includepdf]
%\tikzexternalize
% DOES NOT CREATE EXTERNAL PDF
%\tikzset{external/mode=graphics if exists}

\usetikzlibrary{shapes.geometric, arrows.meta}

% old
%\usepackage{tikz}
%\usetikzlibrary{external}
%\tikzexternalize
%\usetikzlibrary{shapes.geometric}

% very old
%\pgfplotsset{compat=1.15}

%Grafiken (wie jpg, png, etc.)
\usepackage{graphicx}

%Grafiken von Text umlaufen lassen
\usepackage{wrapfig}

\usepackage{subcaption}

% Standardnamen für Abbildungen und Tabellen ändern
\renewcaptionname{ngerman}{\contentsname}{Inhaltsverzeichnis}
\renewcaptionname{ngerman}{\listfigurename}{Abbildungen}
\renewcaptionname{ngerman}{\listtablename}{Tabellen}
\renewcaptionname{ngerman}{\figurename}{Abb.}
\renewcaptionname{ngerman}{\tablename}{Tab.}


%Fußnoten über Kapitel (ohne Reset nach jedem Kapitel)
\usepackage{chngcntr}
\counterwithout{footnote}{chapter}

%Ermöglicht Verknüpfungen innerhalb des Dokumentes (e.g. for PDF), Links werden durch "hidelink" nicht explizit hervorgehoben
\usepackage[hidelinks,german,bookmarksopen=true]{hyperref}
\usepackage{bookmark}

%Einbindung und Verwaltung von Literaturverzeichnissen
\usepackage{csquotes} %wird von biber benötigt
%\usepackage[backend=biber, bibencoding=utf8, style=authoryear, citestyle=authoryear]{biblatex}
%\usepackage[style=authortitle-ibid, backend=biber, bibencoding=utf-8]{biblatex}
\usepackage[backend=biber, bibencoding=utf8, bibstyle=nature, citestyle=nature]{biblatex}
\addbibresource{references/references.bib}
\renewcommand{\cite}[1]{\parencite{#1}
        \citeauthor{#1}, 
        \citeyear{#1}}
%\let\cite\citefull

%Überschriften
\input{resources/styles/heading-styling.tex}

% define "struts", as suggested by Claudio Beccari in
%    a piece in TeX and TUG News, Vol. 2, 1993.
\newcommand\Tstrut{\rule{0pt}{2.6ex}}         % = `top' strut
\newcommand\Bstrut{\rule[-0.9ex]{0pt}{0pt}}   % = `bottom' strut

%Wörter und Charaktere zählen
\usepackage{moreverb} % for verbatim ouput


% Inhaltsverzeichnis "Tiefe"
\setcounter{secnumdepth}{2}
\setcounter{tocdepth}{2}

\makeatletter
\newcounter{subsubparagraph}[subparagraph]
\renewcommand\thesubsubparagraph{%
  \thesubparagraph.\@arabic\c@subsubparagraph}
\newcommand\subsubparagraph{%
  \@startsection{subsubparagraph}    % counter
    {6}                              % level
    {\parindent}                     % indent
    {3.25ex \@plus 1ex \@minus .2ex} % beforeskip
    {-1em}                           % afterskip
    {\normalfont\normalsize\bfseries}}
\newcommand\l@subsubparagraph{\@dottedtocline{6}{10em}{5em}}
\newcommand{\subsubparagraphmark}[1]{}
\def\toclevel@subsubparagraph{6}
\makeatother

% Overfull \hbox (... too wide)
\pretolerance=-1
\tolerance=1000
%\setlength\emergencystretch{\hsize}\hbadness=10000
\setlength{\emergencystretch}{5pt}

%\begin{xtolerant}{150}{2.5em}
%\end{xtolerant}

%\newenvironment{xtolerant}[2]{%
%  \par
%  \ifx\empty#1\empty\else\pretolerance=#1\relax\fi
%  \ifx\empty#2\empty\else\emergencystretch=#2\relax\fi
%}{%
%  \par
%}

\hfuzz=20pt
\vfuzz=20pt
\hbadness=2000
\vbadness=\maxdimen

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%Dokumenteinstellungen und Anpassungen
\input{resources/styles/adjustments}

%Titelformen - gewünschtes Layout einkommentieren

%%Graduation
\include{titles/graduation}
\gradeType{Doctor medicinale}

%Angaben zur Arbeit und dem Autor
\title{Pathogenese, Diagnostik und Therapie der supraventrikulären Tachykardien}
\author{Name}
\title{Titel}
\yearAndGroup{Jahr, Turnusgruppe x}
\supervisor{Dozent}
\professorship{Lehrstuhl}
\submitDate{Budapest, den x (Abgabedatum)}


%Verzeichnisse generieren
\makeglossaries
\loadglsentries{references/glossary_acronyms.tex}
\setacronymstyle{long-short}

% Korrekte Wörter-/Zeichenzählung für tabularx (in diesem Fall tabularx{\linewidth}{})
%TC:group tabularx 2 1

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%


% Compile only parts of the document -> speed bonus
%\includeonly{chapter/1-Vorhof/1-Sinustachykardien,chapter/Counter}
%\includeonly{chapter/1-Vorhof/2-Vorhoftachykardien,chapter/Counter}
%\includeonly{chapter/2-AV-Knoten,chapter/Counter}
%\includeonly{chapter/3-AV,chapter/Differentialdiagnose,chapter/Counter}
%\includeonly{chapter/3-AV,chapter/Differentialdiagnose}


%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%Start des Inhalts
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

\begin{document}

%Notwendiger Workaround
\pagenumbering{alph}

%Deckblatt erzeugen
\maketitle

\pagenumbering{Roman}

\include{chapter/Widmung}
%\include{chapter/Vorwort}
%\include{chapter/Abstract}

%Inhaltsverzeichnis
\tableofcontents \newpage

%Hauptteil
\pagenumbering{arabic}
%\input{chapter/Einleitung} \clearpage
%\input{chapter/1-Vorhof} \clearpage
%\input{chapter/1-1-Sinustachykardien} \clearpage
%\input{chapter/1-2-Vorhoftachykardien} \clearpage
%input{chapter/2-AV-Knoten} \clearpage
%\input{chapter/3-AV} \clearpage
%\input{chapter/Counter} \clearpage
%\input{chapter/Beispiele} \clearpage

%include
\include{chapter/Einleitung}
\include{chapter/1-Vorhof/1-Sinustachykardien} 
\include{chapter/1-Vorhof/2-Vorhoftachykardien}
\include{chapter/2-AV-Knoten}
\include{chapter/3-AV}
%\include{chapter/Differentialdiagnose}
%\include{chapter/Counter-old}
\include{chapter/Counter}

%Anhang
\pagenumbering{Alph}

%Abbildungsverzeichnis
\listoffigures \clearpage
%Tabellenverzeichnis
\listoftables \clearpage
%Quelltextverzeichnis
%\lstlistoflistings \clearpage

%Stichwortverzeichnis
%\printindex \clearpage

%Glossar
\printglossary[title={Glossar}] \clearpage
%Abkürzungsverzeichnis
%\printglossary[style=dottedlocations,type=\acronymtype,title={Abkürzungsverzeichnis}] \clearpage
\printglossary[type=\acronymtype,style=alttree,title=Abkürzungsverzeichnis] \clearpage % index indexgroup alttreegroup

%Literaturverzeichnisse (getrennt nach Stichwort)
\printbibliography[heading=bibintoc, type=book, title={Literaturverzeichnis}] \clearpage
\printbibliography[heading=subbibintoc, type=article, title={Artikel}] \clearpage
\printbibliography[heading=subbibintoc, type=online, title={Online-Quellen}] \clearpage
%\printbibliography[heading=subbibintoc, keyword={image}, title={Bildquellen}] \clearpage

% Anhang
%\include{chapter/Anhang}

% Eigenständigkeitserklärung
%\include{chapter/Eigenstaendigkeitserklaerung}
\includepdf[pages={1}]{pdf/Plagiaterklaerung.pdf}

\end{document}